가족, 직원 급여 이렇게 줬다간 세무조사 나옵니다!

"두 번이나 경정청구 신청했는데 모두 거절당했어요. 원인을 정확히 짚어주셔서 다시 해볼 용기가 났습니다."

 

"가족 직원 급여 문제로 환급도 못 받고 세무조사까지 걱정됐는데, 한 번에 정리해 주셨습니다."

 

 

"법인전환만이 정답이 아니라는 걸 알려주신 게 진짜였어요. 우리 회사 순서대로 설계해 주셔서 큰 힘이 됐습니다."

 

 

자금 컨설팅 후 2주 만에 승인 성공 인터뷰

 

폐업 위기에서 자금 컨설팅 후 재기한 인터뷰

 

 

 

"가족이 일하는 회사인데 환급은 왜 안 될까?"

이런 의문 가지셨던 적 있으신가요?

 

더원 대표자 유일호

 

더원 사무실

 

 

가족 직원 급여 잘못 설계하면 경정청구와 노무환급이 두 번 거절될 수 있습니다.

20년 차 제조업 대표 사례로 본 거절 사유, 부당행위계산부인 리스크, 그리고 법인전환 타이밍까지 실무자가 정리했습니다.

 

매출 30억대를 찍던 회사가 작년 12억까지 떨어졌습니다. 20년을 이어온 제조업체 대표님은 지푸라기라도 잡는 심정으로 세무환급을 두 번 신청했고, 두 번 다 거절당했습니다. 직원은 "그쪽에서 일이 잘못된 것 같다"는 말만 반복했고,

정확한 사유는 끝내 알 수 없었습니다.

 

 

원인은 한 가지였습니다. 가족 직원 급여 설계가 잘못돼 있었던 거예요.

 

가족(배우자·자녀)을 직원으로 등록하고 최저임금에도 못 미치는 급여를 지급하면 세무서는 '실제 근무 여부'를 의심합니다.

출퇴근 증빙이 부족하거나 급여가 시가에 부합하지 않으면 인건비 비용처리가 부인되고, 경정청구·노무환급도 거절됩니다.

매출 12억 이상이라면 가족 직원 급여 구조 정상화와 법인전환을 함께 설계하는 것이 근본 해결책입니다.

 

 

1. 경정청구는 왜 두 번이나 거절됐을까요? 

 

이 회사는 직원이 7명이었습니다. 그중 3명이 가족이었어요. 배우자, 그리고 자녀 둘.

문제는 가족 3명 모두 월 100만 원대 — 최저임금에 한참 못 미치는 급여를 받고 있었다는 점입니다.

대표님은 "직원이 알아서 처리한 것"이라고 하셨지만, 세무서 입장에서는 이상한 그림이었습니다.

 

첫 번째 경정청구가 거절된 사유는 출퇴근 증명 서류 부족이었습니다.

급여가 낮은 가족 직원의 실제 근무를 입증해 달라고 요구했는데, 그게 없었던 거죠.

두 번째 시도였던 노무환급은 "금액이 적으니 진행 안 한다"는 답변과 함께 그대로 묻혔습니다.

뱅크샐러드 자료에 따르면 경정청구는 증빙 서류가 부족하거나 신청 사유가 인정되지 않으면 기각되며,

5년 이내에 다시 시도할 수 있습니다. 거절이 끝이 아니라 거절 사유를 정확히 알아야 재도전이 가능하다는 뜻입니다.

 

2. 가족 직원 급여, 어떻게 설계해야 인정받나요? 

 

가족 직원 급여 설계에는 세 가지 핵심 기준이 있습니다.

4대 보험 가입 기준부터 다릅니다

                                                               가족 관계국민연금·건강보험고용·산재보험

 

배우자	가입 의무	가입 불가
동거 자녀	가입 의무	원칙적 불가
비동거 친족	가입 의무	가입 가능 (입증서류 필요)
일반 직원	가입 의무	가입 의무

 

근로복지공단에서는 비동거 친족이 고용·산재보험에 가입할 경우 근로계약서,

임금명세서, 업무일지, 그리고 '근로자성 확인 문답서'까지 제출하도록 하고 있습니다.

급여 수준은 '시가'에 맞춰야 합니다

 

국세청 부당행위계산부인 규정에 따르면, 특수관계인에게 시가보다 과다하게 지급된 인건비는 비용으로 인정되지 않습니다.

반대로 너무 적게 지급되면 '실제 근무 안 하는 것 아니냐'는 의심을 받습니다.

판단 기준은 동종 업계 유사 직무의 급여 수준입니다.

입증 자료 5종 세트가 필수입니다

세무조사에 대비하려면 이 다섯 가지를 평소에 갖춰 두셔야 합니다.

• 근로계약서
• 출퇴근기록부 (지문·카드·교통카드 이력 포함)
• 급여이체 내역 (반드시 본인 명의 계좌)
• 4대 보험 가입 자료
• 근로소득 원천징수영수증

현장에서 자주 보는 패턴이 있는데, 대부분의 대표님이 4번까지는 갖춰 두십니다.

정작 출퇴근기록부가 없어요. 이 한 가지 때문에 경정청구가 막힙니다.

 

 

3. 개인사업자가 법인전환을 미루면 안 되는 이유

이 사례의 대표님은 자산 70억대, 매출 12억의 개인사업자였습니다. 법인전환을 검토하셨지만 결국 미루셨다고 합니다.

근데 매출 12억, 순이익 1억 이상 구간이라면 법인전환은 늦출수록 손해입니다.

 

2026년 세율 기준 비교

구분개인사업자 (종합소득세) 법인사업자 (법인세)

1억 원 이하	6%~35%	10%
1억 ~ 5억 원	38%~40%	20%
5억 원 초과	42%~49.5%	20%
200억 원 초과	—	22~24%

한국법인설립지원센터 자료에 따르면 2026년부터 법인세율이 1% 인상됐지만,

개인사업자 최고세율 49.5%와 비교하면 여전히 절반 수준입니다.

가족 승계까지 본다면 법인이 압도적으로 유리합니다

 

 

 

이 대표님은 70대였고, 자녀 둘에게 사업을 넘기는 문제를 고민하고 계셨습니다.

개인사업자는 사업체 자체의 승계가 사실상 불가능하지만,

법인은 지분 구조 조정과 증여세 과세특례를 통해 단계적 승계가 가능합니다.

 

다만 더원은 "법인전환부터 하세요"라고 말씀드리지 않습니다.

가족 직원 급여 구조를 정상화한 다음 법인전환을 진행해야,

전환 후에도 똑같은 문제가 따라오지 않습니다. 순서가 핵심입니다.

 

4. 자주 묻는 질문 (FAQ) 

Q1. 배우자가 실제로 근무하는데 고용보험 가입이 안 되면 노무환급도 못 받는 건가요?
A. 네, 그렇습니다. 배우자는 근로기준법상 근로자로 보지 않기 때문에 고용보험·산재보험 가입 자체가 안 되고,

따라서 두루누리 같은 노무환급 대상에서도 제외됩니다.

다만 국민연금·건강보험은 가입해야 하고, 인건비 비용처리는 별개로 가능합니다.

 

Q2. 가족 직원 급여를 최저임금 수준으로만 맞추면 안전한가요?
A. 금액만 맞추면 충분하지 않습니다.

입증 자료 5종 세트(근로계약서·출퇴근기록부·급여이체·4대보험·원천징수영수증)가 함께 있어야

인건비로 인정받고 경정청구도 통과합니다.

 

Q3. 경정청구가 두 번 거절됐는데, 세 번째 시도가 가능한가요?
A. 가능합니다. 경정청구는 당초 신고기한으로부터

5년 이내라면 동일 사안에 대해서도 거절 사유를 보완해 재청구할 수 있습니다.

단, 첫 거절 사유를 정확히 파악하고 그 부분을 보완하는 것이 전제입니다.

 

Q4. 법인전환하면 가족 직원 급여 문제가 자동으로 해결되나요?
A. 아닙니다. 법인전환 후에도 가족은 여전히 특수관계인이므로 부당행위계산부인 규정이 그대로 적용됩니다.

다만 법인에서는 임원 보수 한도 규정, 정관, 임원 퇴직금 규정 등을 활용해 더 정교한 절세 설계가 가능해집니다.

---

한 번 거절은 끝이 아닙니다

이 사례의 대표님은 더원 컨설팅을 통해 가족 직원 급여 구조를 다시 설계하고,

출퇴근 증빙을 갖춘 뒤 경정청구를 재신청하기로 하셨습니다.

동시에 법인전환 시뮬레이션도 함께 돌리기로 했고요.

 

 

매출 70억에서 30억으로 추락한 광고 대행사, 부채비율 1,100%에서 자금조달 컨설팅으로 활로를 찾

 

 

 

기관에서 "안 된다"고 통보받았다고 해서 정말 안 되는 게 아닙니다. 그건 협상의 시작점일 뿐입니다.

거절당한 환급을 다시 시도하려는 대표님, 법인전환 타이밍을 고민하시는 대표님은 무료상담 신청해 주십시오.

대표님들의 현명한 선택과 지속적인 성장을 진심으로 응원합니다. 감사합니다.